Protein–RNA interactions for Protein: A2RU48

SMCO3, Single-pass membrane and coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 225 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMCO3A2RU48 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 ADAP1-218ENST00000617043 1946 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 TMEM235-201ENST00000374946 2409 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 CACNA1A-258ENST00000638029 7814 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
SMCO3A2RU48 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 KCNA7-201ENST00000221444 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 STXBP6-203ENST00000419632 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 RUNX2-201ENST00000359524 5390 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 ITSN2-201ENST00000355123 6300 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 PDCD2-204ENST00000453163 2657 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SMCO3A2RU48 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.7 ms