Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL6A3P12111 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL6A3P12111 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
COL6A3P12111 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
COL6A3P12111 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
COL6A3P12111 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
COL6A3P12111 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
COL6A3P12111 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL6A3P12111 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.01■■■□□ 2.24
COL6A3P12111 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.95■■■□□ 2.23
COL6A3P12111 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.91■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
COL6A3P12111 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC28.87■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
COL6A3P12111 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 FAM149A-205ENST00000502970 1990 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
COL6A3P12111 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL6A3P12111 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms