Protein–RNA interactions for Protein: Q15843

NEDD8, NEDD8, humanhuman

Predictions only

Length 81 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8Q15843 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC19.55■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.55■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 GRM5-202ENST00000305447 4571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.54■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.53■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 ECEL1-201ENST00000304546 2865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.72
NEDD8Q15843 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.52■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.52■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.51■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC19.5■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 NOP56-201ENST00000329276 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.49■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
NEDD8Q15843 SRSF4-201ENST00000373795 2387 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.48■□□□□ 0.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 175.8 ms