Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COPB1P53618 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COPB1P53618 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COPB1P53618 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COPB1P53618 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COPB1P53618 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COPB1P53618 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COPB1P53618 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COPB1P53618 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COPB1P53618 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COPB1P53618 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COPB1P53618 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COPB1P53618 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
COPB1P53618 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79.3 ms