Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HDDC3Q8N4P3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
HDDC3Q8N4P3 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
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