Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC27.66■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC27.66■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
TRIM28Q13263 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.5 ms