Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3P4

RHBDD3, Rhomboid domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 386 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDD3Q9Y3P4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC19.33■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
RHBDD3Q9Y3P4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC19.31■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.68
RHBDD3Q9Y3P4 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.3 ms