Protein–RNA interactions for Protein: Q15843

NEDD8, NEDD8, humanhuman

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Length 81 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8Q15843 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 RCN1-201ENST00000054950 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC20.23■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.22■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.83
NEDD8Q15843 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 KCNMA1-293ENST00000640969 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
NEDD8Q15843 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
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