Protein–RNA interactions for Protein: O43679

LDB2, LIM domain-binding protein 2, humanhuman

Predictions only

Length 373 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDB2O43679 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
LDB2O43679 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
LDB2O43679 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
LDB2O43679 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB2O43679 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB2O43679 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB2O43679 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB2O43679 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB2O43679 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LDB2O43679 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LDB2O43679 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms