Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC21.08■□□□□ 0.97
VMP1Q96GC9 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
VMP1Q96GC9 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms