Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
LHX3Q9UBR4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
LHX3Q9UBR4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms