Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN4P29074 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
PTPN4P29074 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 141.8 ms