Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COPB1P53618 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COPB1P53618 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COPB1P53618 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COPB1P53618 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COPB1P53618 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COPB1P53618 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COPB1P53618 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COPB1P53618 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COPB1P53618 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COPB1P53618 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COPB1P53618 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COPB1P53618 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COPB1P53618 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COPB1P53618 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COPB1P53618 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COPB1P53618 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
COPB1P53618 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COPB1P53618 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COPB1P53618 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COPB1P53618 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COPB1P53618 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COPB1P53618 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COPB1P53618 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
COPB1P53618 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
COPB1P53618 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COPB1P53618 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COPB1P53618 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COPB1P53618 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COPB1P53618 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms