Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.96■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.79
SKA3Q8IX90 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
SKA3Q8IX90 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms