Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL9A1P20849 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL9A1P20849 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
COL9A1P20849 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL9A1P20849 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL9A1P20849 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms