Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
LHX3Q9UBR4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LHX3Q9UBR4 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60 ms