Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
USP49Q70CQ1 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
USP49Q70CQ1 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
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