Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
SDC1P18827 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
SDC1P18827 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
SDC1P18827 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
SDC1P18827 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.07
SDC1P18827 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
SDC1P18827 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
SDC1P18827 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
SDC1P18827 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
SDC1P18827 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
SDC1P18827 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
SDC1P18827 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms