Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
BRPF3Q9ULD4 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.55■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.55■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.52■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
BRPF3Q9ULD4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
BRPF3Q9ULD4 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms