Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LHX3Q9UBR4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LHX3Q9UBR4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms