Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
CHMP4AQ9BY43 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
CHMP4AQ9BY43 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHMP4AQ9BY43 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms