Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CPSF3Q9UKF6 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CPSF3Q9UKF6 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
CPSF3Q9UKF6 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.8 ms