Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
TRIM40Q6P9F5 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.9 ms