Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.96
HLA-DOAP06340 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
HLA-DOAP06340 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC27.17■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
HLA-DOAP06340 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 120.6 ms