Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
PCDHB3Q9Y5E6 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
PCDHB3Q9Y5E6 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
PCDHB3Q9Y5E6 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 172.7 ms