Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TRIM40Q6P9F5 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
TRIM40Q6P9F5 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
TRIM40Q6P9F5 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 125 ms