Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.24
CHMP3Q9Y3E7 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
CHMP3Q9Y3E7 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHMP3Q9Y3E7 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.21
CHMP3Q9Y3E7 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 161.5 ms