Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
COL4A3Q01955 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
COL4A3Q01955 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL4A3Q01955 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.9 ms