Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SHMT2P34897 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms