Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
UBE3DQ7Z6J8 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
UBE3DQ7Z6J8 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
UBE3DQ7Z6J8 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms