Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
HOXD4P09016 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC21.04■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD4P09016 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD4P09016 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 200.7 ms