Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
PCDHB3Q9Y5E6 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
PCDHB3Q9Y5E6 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms