Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LHX3Q9UBR4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
LHX3Q9UBR4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LHX3Q9UBR4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms