Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
HOXD3P31249 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD3P31249 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
HOXD3P31249 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms