Protein–RNA interactions for Protein: O95639

CPSF4, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 269 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4O95639 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CPSF4O95639 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CPSF4O95639 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CPSF4O95639 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 122 ms