Protein–RNA interactions for Protein: O95243

MBD4, Methyl-CpG-binding domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 580 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MBD4O95243 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
MBD4O95243 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD4O95243 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD4O95243 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD4O95243 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD4O95243 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD4O95243 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
MBD4O95243 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD4O95243 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD4O95243 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD4O95243 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
MBD4O95243 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MBD4O95243 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MBD4O95243 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MBD4O95243 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
MBD4O95243 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MBD4O95243 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
MBD4O95243 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MBD4O95243 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD4O95243 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD4O95243 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD4O95243 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD4O95243 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD4O95243 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MBD4O95243 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD4O95243 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD4O95243 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD4O95243 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD4O95243 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD4O95243 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MBD4O95243 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
MBD4O95243 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
MBD4O95243 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
MBD4O95243 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
MBD4O95243 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
MBD4O95243 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
MBD4O95243 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
MBD4O95243 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
MBD4O95243 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
MBD4O95243 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
MBD4O95243 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
MBD4O95243 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
MBD4O95243 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC28.08■■■□□ 2.09
MBD4O95243 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
MBD4O95243 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
MBD4O95243 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
MBD4O95243 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
MBD4O95243 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
MBD4O95243 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
MBD4O95243 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
MBD4O95243 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
MBD4O95243 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
MBD4O95243 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MBD4O95243 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
MBD4O95243 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
MBD4O95243 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms