Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HOXC11O43248 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HOXC11O43248 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HOXC11O43248 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms