Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CPSF3Q9UKF6 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CPSF3Q9UKF6 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CPSF3Q9UKF6 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.2 ms