Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
VMP1Q96GC9 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VMP1Q96GC9 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VMP1Q96GC9 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms