Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC29.7■■■□□ 2.35
CHMP3Q9Y3E7 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC29.64■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC29.64■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CHMP3Q9Y3E7 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CHMP3Q9Y3E7 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CHMP3Q9Y3E7 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 80.5 ms