Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC30.45■■■□□ 2.47
CHMP4AQ9BY43 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC30.42■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC30.4■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.39■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
CHMP4AQ9BY43 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC30.38■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC30.34■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.45
CHMP4AQ9BY43 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC30.32■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
CHMP4AQ9BY43 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC30.27■■■□□ 2.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms