Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
CCDC54Q8NEL0 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC54Q8NEL0 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC54Q8NEL0 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms