Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
SYNE3Q6ZMZ3 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SYNE3Q6ZMZ3 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms