Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 ZNF444-203ENST00000587195 571 ntTSL 424.16■■□□□ 1.463e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.453e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.423e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.423e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 UTRN-208ENST00000433557 354 ntTSL 423.89■■□□□ 1.423e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.413e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.418e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.43e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADAMTSL5-206ENST00000589839 1025 ntTSL 323.63■■□□□ 1.373e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.363e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SPRED3-205ENST00000587564 543 ntTSL 1 (best)23.52■■□□□ 1.363e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BET1L-205ENST00000479463 684 ntTSL 323.39■■□□□ 1.343e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ATXN7L2-204ENST00000463678 3022 ntTSL 523.38■■□□□ 1.333e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.333e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.23■■□□□ 1.313e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.33e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 DLK1-204ENST00000555747 538 ntTSL 423.13■■□□□ 1.293e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BEGAIN-210ENST00000557378 649 ntTSL 1 (best)23.09■■□□□ 1.293e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 PRKCZ-210ENST00000470596 788 ntTSL 223.08■■□□□ 1.283e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.273e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ATG16L2-212ENST00000538973 1456 ntTSL 522.94■■□□□ 1.263e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TSPAN4-219ENST00000530404 818 ntTSL 522.91■■□□□ 1.263e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 GORASP2-211ENST00000497928 711 ntTSL 522.9■■□□□ 1.263e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.253e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 LMBR1-207ENST00000433968 578 ntTSL 422.83■■□□□ 1.253e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.243e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.223e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.223e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.213e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.213e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.213e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.23e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.23e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TMEM184B-211ENST00000504337 1063 ntTSL 422.56■■□□□ 1.23e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SHMT1-209ENST00000582653 879 ntTSL 322.52■■□□□ 1.28e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADAMTSL5-205ENST00000586272 735 ntTSL 322.5■■□□□ 1.193e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ATG16L2-202ENST00000435507 2254 ntTSL 222.49■■□□□ 1.193e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.198e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 LRRC45-203ENST00000581227 1145 ntTSL 522.47■■□□□ 1.193e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.183e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.188e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.173e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ESRRA-205ENST00000468670 742 ntTSL 222.38■■□□□ 1.173e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 LMBR1-219ENST00000498034 478 ntTSL 322.36■■□□□ 1.173e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.163e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 IDH3A-209ENST00000558605 573 ntTSL 422.2■■□□□ 1.143e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLC25A11-204ENST00000574710 2176 ntTSL 222.03■■□□□ 1.123e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZNF444-206ENST00000587664 568 ntTSL 322.01■■□□□ 1.113e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.113e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 CD99-207ENST00000482293 466 ntTSL 221.99■■□□□ 1.113e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADAMTSL5-203ENST00000585700 1562 ntTSL 1 (best)21.92■■□□□ 1.13e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ARHGEF28-208ENST00000509848 560 ntTSL 421.84■■□□□ 1.093e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.083e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MTFMT-206ENST00000560717 1111 ntTSL 521.76■■□□□ 1.073e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BEGAIN-203ENST00000553553 925 ntAPPRIS ALT2 TSL 321.75■■□□□ 1.073e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.063e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 EPS15L1-213ENST00000599790 1921 ntTSL 521.64■■□□□ 1.063e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.053e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ADAMTSL5-208ENST00000590440 1602 ntTSL 1 (best)21.55■■□□□ 1.043e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MTFMT-203ENST00000558460 1522 ntTSL 521.5■■□□□ 1.033e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLC35B1-209ENST00000507773 1320 ntTSL 521.48■■□□□ 1.032e-6■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.023e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.013e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 RADIL-205ENST00000472999 1525 ntTSL 1 (best)21.34■■□□□ 1.011e-11■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MAEA-206ENST00000503693 1182 ntTSL 1 (best)21.29■■□□□ 12e-17■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.993e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 INSIG2-203ENST00000467223 627 ntTSL 521.25■□□□□ 0.993e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.973e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.953e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 OXR1-203ENST00000435082 2023 ntTSL 220.96■□□□□ 0.952e-6■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 MAP3K14-AS1-209ENST00000591263 454 ntTSL 420.94■□□□□ 0.943e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.923e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 CTSH-202ENST00000525807 1122 ntTSL 520.75■□□□□ 0.913e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 USP39-218ENST00000493829 1660 ntTSL 220.71■□□□□ 0.913e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 CTSH-214ENST00000534038 593 ntTSL 420.65■□□□□ 0.93e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 RPS3A-203ENST00000505243 614 ntTSL 320.62■□□□□ 0.892e-17■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 NUBPL-208ENST00000550649 557 ntTSL 520.59■□□□□ 0.895e-8■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ABCA2-222ENST00000494046 1622 ntTSL 520.57■□□□□ 0.883e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 RFLNA-203ENST00000389727 2385 ntAPPRIS P2 TSL 520.54■□□□□ 0.882e-6■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.883e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TBC1D31-208ENST00000519418 569 ntTSL 320.46■□□□□ 0.873e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 POLD2-211ENST00000464871 580 ntTSL 320.45■□□□□ 0.863e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 USP39-209ENST00000458268 751 ntTSL 420.39■□□□□ 0.853e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SLC35B1-201ENST00000240333 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.852e-6■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HAUS4-217ENST00000555367 1454 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.853e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TMED3-204ENST00000543455 1483 ntTSL 220.38■□□□□ 0.853e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ST6GALNAC4-202ENST00000361444 1013 ntTSL 520.23■□□□□ 0.833e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 TSPAN4-215ENST00000525334 860 ntTSL 320.23■□□□□ 0.833e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.823e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 NKD2-201ENST00000274150 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.813e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 CDC42EP1-201ENST00000249014 2181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.812e-17■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 KHDC1-202ENST00000370384 1430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.83e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZFAND2A-202ENST00000397083 852 ntTSL 1 (best)20.04■□□□□ 0.83e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.83e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.83e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 PROS1-201ENST00000348974 806 ntTSL 520.04■□□□□ 0.83e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 HAUS4-218ENST00000555986 1626 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.83e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.793e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 ATXN7L2-202ENST00000369870 2318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.81■□□□□ 0.763e-9■■■■■ 206.8
SF3B1O75533 PGAP3-208ENST00000582276 546 ntTSL 419.75■□□□□ 0.753e-9■■■■■ 206.8
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 558.4 ms