Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
SYNE3Q6ZMZ3 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
SYNE3Q6ZMZ3 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
SYNE3Q6ZMZ3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 118.2 ms