Protein–RNA interactions for Protein: P06340

HLA-DOA, HLA class II histocompatibility antigen, DO alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 250 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-DOAP06340 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HLA-DOAP06340 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
HLA-DOAP06340 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
HLA-DOAP06340 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
HLA-DOAP06340 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.12
HLA-DOAP06340 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HLA-DOAP06340 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms