Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
PCIF1Q9H4Z3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC26.29■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
PCIF1Q9H4Z3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
PCIF1Q9H4Z3 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC26.17■■□□□ 1.78
PCIF1Q9H4Z3 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms