Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.21■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
SYNE3Q6ZMZ3 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SYNE3Q6ZMZ3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SYNE3Q6ZMZ3 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SYNE3Q6ZMZ3 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.7 ms