Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP4Q13107 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP4Q13107 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP4Q13107 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP4Q13107 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP4Q13107 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP4Q13107 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP4Q13107 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP4Q13107 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP4Q13107 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP4Q13107 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP4Q13107 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP4Q13107 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP4Q13107 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP4Q13107 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP4Q13107 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP4Q13107 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP4Q13107 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP4Q13107 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP4Q13107 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP4Q13107 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP4Q13107 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
USP4Q13107 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP4Q13107 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP4Q13107 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP4Q13107 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP4Q13107 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP4Q13107 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP4Q13107 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP4Q13107 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP4Q13107 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP4Q13107 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
USP4Q13107 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP4Q13107 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP4Q13107 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP4Q13107 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP4Q13107 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP4Q13107 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP4Q13107 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP4Q13107 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP4Q13107 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
USP4Q13107 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP4Q13107 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP4Q13107 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP4Q13107 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP4Q13107 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP4Q13107 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP4Q13107 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP4Q13107 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP4Q13107 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP4Q13107 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP4Q13107 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP4Q13107 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP4Q13107 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP4Q13107 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP4Q13107 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP4Q13107 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP4Q13107 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP4Q13107 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP4Q13107 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
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