Protein–RNA interactions for Protein: P12004

PCNA, Proliferating cell nuclear antigen, humanhuman

Predictions only

Length 261 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCNAP12004 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCNAP12004 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCNAP12004 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCNAP12004 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCNAP12004 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCNAP12004 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCNAP12004 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCNAP12004 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCNAP12004 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCNAP12004 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
PCNAP12004 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
PCNAP12004 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCNAP12004 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
PCNAP12004 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCNAP12004 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCNAP12004 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCNAP12004 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
PCNAP12004 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCNAP12004 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCNAP12004 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCNAP12004 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
PCNAP12004 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCNAP12004 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCNAP12004 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCNAP12004 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCNAP12004 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
PCNAP12004 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCNAP12004 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
PCNAP12004 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCNAP12004 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
PCNAP12004 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
PCNAP12004 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCNAP12004 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCNAP12004 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCNAP12004 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCNAP12004 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
PCNAP12004 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PCNAP12004 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
PCNAP12004 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
PCNAP12004 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
PCNAP12004 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
PCNAP12004 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
PCNAP12004 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCNAP12004 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCNAP12004 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCNAP12004 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
PCNAP12004 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCNAP12004 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
PCNAP12004 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms